影片《水母眼》是村上隆根据自己孩提时的一个梦境为原型创作的影片，村上导演希望观众可以通过观看这部影片回忆起自己的小时候的梦。　　故事围绕一名叫正志的小学生展开，小学生正志搬家的时候在一个盒子里发现了神秘的生物，他非常喜欢这个神秘生物并给它取名叫“水母宝宝”。正志搬家后转入了新的学校，一天，他带着“水母宝宝”一起去上学，没想到同班的同学们也带了大人们都看不见的神秘生物“朋友”来到了学校……。　　另外，担任创作《水母眼》主题曲的创作者是曾经因为Google Chrome创作主题曲《Tell Your World》而声名鹊起的KZ。

小学生日下部正史在新房子里发现了一个他以前从未见过的纸箱。里面是一只类似水母的生物，外表奇特，有一种让人无法讨厌的可爱。渐渐地，雅志与他命名为水母男孩的神秘生物成为了朋友，并最终带他去了新学校。

搬到郊区的小学生正史在新家遇到了一种奇怪的水母状生物。他将这种生物命名为“水母男孩”，并很快与他成为了朋友。正志把水母男孩藏在背包里去上学，但班里的每个人都和他有同样的奇怪生物……