城(🌠)市(👷)在恢复(⛲)平(✒)静后，大反(fǎn )派重新(xīn )(🔼)召集旧(jiù )部卷土重来(🔱)，并(bìng )勾结外星恶势力朗格试(🛤)图称霸地(dì )球，忍者(💤)神龟(guī )(🎾)莱昂纳多（(🎲)皮(🎏)特(❣)·普劳泽克PetePloszek饰）、拉(👁)斐尔（阿兰·(🛹)里奇森AlanRitchson饰(😻)）、多纳泰罗（(🤯)杰瑞米·霍华德JeremyHoward饰）和(hé )米开(🦗)朗基(jī )罗（诺尔(ěr )·费(🗞)舍(🙂)NoelFisher饰）与女记者艾(🎾)蓓丽(lì )尔·(⛏)奥尼尔（梅根(🚻)·福克(kè )斯MeganFox饰(shì )）、韦恩·芬威克（威尔·(❕)阿奈特WillArnett饰），及(🐛)面具义(🐨)警凯(kǎi )西·琼斯(💅)（斯蒂(💹)芬·阿梅(méi )尔StephenAmell饰(shì )）并肩作战打击恶徒。在史莱德(dé )（布莱恩·泰(tài )BrianTee饰）逃脱(tuō )拘(jū )留(🚽)后，他(🔲)与疯狂的科学(xué )家巴克(🔪)斯(🐂)特(tè )斯·托(👩)克曼(💅)（泰勒(lè )·派瑞(💑)TylerPerry饰）及其两个笨拙(zhuō )的左膀右(🈂)臂猪(🐌)面和牛(💛)头联合，发布了一个控(🛃)制世(🍾)界(jiè )的恶(🚓)魔计划。在神龟们与(🏆)史(shǐ )莱德及(🎆)其同伙对抗的同(tóng )时，他(tā )们发现(🔝)自(zì )己正面(miàn )临(lín )着一个(gè )更邪恶的力(😙)量大(dà )反派格朗，神龟们面对的将是宇(🦄)宙级的强(qiáng )大对手(shǒu )。

阻止施莱(🔡)德一年后，忍(🏺)者神龟们从阿普丽尔(📒)·(🤫)奥(😕)尼(ní )尔那里得知(zhī )，科学家巴克(kè )斯特·斯(sī )托克(kè )曼正(zhèng )在(zài )为(wéi )施莱德工作，并计划(🤬)将他(tā )从监狱(yù )中救(jiù )出。当惩教官(🔦)凯西·琼(📻)斯(sī )将碎(👶)纸机与(yǔ )Bebop 和 Rocksteady一(😋)起在监狱(yù )之间转移时，脚族袭(xí )击了他们的车(🐞)队。尽(🌥)管有海龟的干扰，施(😓)莱德(dé )还(hái )是在斯(sī )托(tuō )克曼使用(yòng )传送装(🧚)置时(🏃)逃(🚇)脱了。碎纸机在(zài )传送过程中(💃)被(bèi )劫(jié )持，最终进(🏽)入另一个(gè )维度，并遇到了(le )外星军阀(fá )(🕎)克朗 ，他(🦋)透(tòu )露(lù )了他入侵(🏄)地(dì )(👚)球的计划。他给了(🤨)施(shī )莱德(💽)一种(🥐)诱变(👕)化(huà )合物，作(zuò )为(wéi )交换，他找(😌)到了克朗很久以前(qián )发送到(🤥)地球的机器的三个部(bù )件，当联(👵)合起(qǐ )来时，这(🥟)将(jiāng )打开通往他的维度的门户，因为施莱(lái )(🚝)德和斯托(🔔)克曼(màn )拥有第(dì )一(yī )个部(🐂)件。凯西(xī )(💑)告诉纽约(💅)警察局(jú ) 局长丽贝卡·文森特(tè )施莱(🈷)德发生了什么事，但(dàn )遭(🈁)到(dào )(😣)怀疑，并决定自己去(🔋)。

施莱德招(zhāo )募了贝(bèi )博普和洛克斯泰(😿)迪，斯托克曼使用克(📘)朗的诱变剂将他们分别变(biàn )成人形疣(🍵)猪(🚒)和犀牛。April 见(♓)证了他(tā )们(👓)的转变，并从(cóng ) TCRI 实验(🧦)室(🏹)偷走了剩(😾)余的诱变剂(jì )小瓶。在脚的(de )追赶(🏗)下，她被凯(kǎi )西救(🔓)了(👽)，凯西后来遇到了海龟，但小(🖖)瓶(píng )被警方拘(🌭)留(liú )。在巢(cháo )穴中，多(duō )纳(nà )泰(🌳)罗推断出诱(yòu )变(👲)剂可以用(☔)来(lái )将海龟变(📣)成人类，但莱昂纳(nà )(🕝)多拒绝并命令多(duō )纳泰罗对(🈵)其(qí )他人保密。然(rán )而，米(🔳)开朗(💆)基罗无意中听(😼)到并告诉拉(🌼)斐尔，这激怒了(🛹)拉斐尔(🌕)并(bìng )导(dǎo )致他和利奥(🗑)之间发生(🕠)了激烈的争吵。拉斐尔随后招募(mù )米奇(🖍)、(👊)艾普丽尔、凯西和(hé )(💜)维(♊)恩(ēn )·芬威克闯(chuǎng )入纽约警(jǐng )察局(🕤)总部并取(qǔ )回诱变剂(🚳)，但脚(jiǎo )先于他们到达。在随(🔥)后(hòu )的战斗中(zhōng )，海龟的存在被警方揭(jiē )露，警方(🐼)开始追捕它们(men )，艾(ài )普丽尔(🕠)和凯西(xī )在帮助兄弟俩(🆖)携带(🐃)诱(🌵)变剂(jì )逃(táo )跑时被捕(bǔ )。

回(🌯)收机器的第二个部(bù )件后，Bebop 和(hé )(👜) Rocksteady 前往巴西(xī )马瑙(🎾)斯的(de )雨林，寻找(zhǎo )最后一个部(😁)件。海龟们跟随他们并在半空中(🌔)登上了 Bebop 和 Rocksteady 的喷气式飞机。在(🐢)随后的战斗中，Rocksteady 发射(🐗)了(✂)安装在(zài )坦(❌)克(kè )上的Mark 19 榴弹发射器，导致飞(🐰)机严重受(💴)损，并坠入河中，但 Bebop 和 Rocksteady 最终带着(zhe )(🦃)组(😃)件逃脱。施莱德和斯(💵)托克(kè )(👵)曼(màn )(🗞)完成了该装置，并(bìng )打开了通往克(🆘)朗维度的(de )门户(hù )，通过该(gāi )门户他(tā )的(de )战争机器科(kē )(😇)技馆，开始出现。施莱德(dé )背叛了斯托克曼，他的手下把他带到(dào )了东(😸)京的总(zǒng )部。当进入科技(jì )(🍸)馆时(shí )(💡)，克朗同样背(🥂)叛(🏂)了施莱德，将他(tā )冷冻起来，并(👋)将他(😙)与(🔭)其(❎)他(tā )被击败(bài )(😱)的敌人关(guān )(🔣)在一起(👞)。

由于警察的追(🌁)捕，海龟们(men )无(wú )(🏄)法到(👙)达科技(📩)馆，他们争论是否要(yào )服用诱变(🗜)剂来变成人类(🔏)并公开(😙)战(zhàn )(🎵)斗。莱昂(🙆)纳(🌟)多(duō )同(tóng )意了，拉斐尔打碎(suì )了瓶子。根据(jù ) April 的要(🏣)求，Vern 从隐藏的 TCRI 摄像(🍣)机(jī )中恢(huī )复(🛁)了安全录像，证明(míng )了 Stockman 和 Shredder 的合作，并确保了 April 和 Casey 的(🧢)释(shì )放。艾(🚅)普(pǔ )丽尔安(ān )排海龟和(🌓)文森特会面，并让(ràng )她相信(xìn )他们不是敌人。在警察(🍁)的帮助下，海龟们从克莱(⛑)斯(🌦)勒(🅰)大(dà )厦跳下，在仍(réng )在(zài )(🐂)组装的科技馆上与克朗对峙(😼)。当多纳泰(🌘)罗短路他的机器(qì )(📙)人身体(🎐)时，克朗被(bèi )击败(bài )。四(🚏)月，凯西(🆚)和弗恩袭击(jī )(🦌)了足部族(zú )设(🚚)施，击败了(le )比波普、洛(luò )(➡)克斯泰迪和碎纸(🕦)机的中尉(wèi )卡莱并控(📐)制(🕰)该设备(🍔)。海龟们(🎽)能够将(jiāng )飞(fēi )船(🧑)的信(🔺)标(⛴)从传送门扔回，带走克朗和(hé )科技馆的其余(🤦)部分(🖤)，而艾普丽尔、凯西和(hé )弗(fú )恩则关闭了传(chuán )送(🔔)门(mén )。

Bebop 和 Rocksteady 再次(🤴)被拘留(🎻)，而 Stockman 仍然逍遥法外。文森(sēn )特和(hé )纽约警察(chá )局以及(jí )阿(🌳)普(pǔ )(🤱)丽尔、凯西和弗(🔖)恩都向(😃)这些海龟(🎁)致敬(jìng )。文(wén )森特提出(chū )向公(💾)众介绍(shào )(💺)这些(🔷)海龟，但(🛰)海(hǎi )龟(guī )们选(xuǎn )择对它们(🕗)的存在(🐎)保密，同时(shí )仍然(rán )像往常一样提供(gòng )帮(🌫)助。在自(👱)由女(nǚ )神(🈁)像的(de )顶部，海龟们庆(qìng )祝(zhù )战胜(📻)了(🔈)被击败的克朗人。